Uno dei giocatori di cui non si sente più parlare è il miglior marcatore della storia dell'Atalanta, Cristiano Doni. Pur essendo stato un centrocampista nei suoi tanti anni militanti a Bergamo ha realizzato 112 reti, che lo hanno incoronato come uomo più prolifico della dea.
La sua carriera calcistica prende una svolta quando nell'estate del 1998 il giocatore compie un'insolito trasferimento, che però poi si rivela di grande prestigio per la storia della sua carriera, dal Brescia agli odiati cugini dell'Atalanta: proprio a Bergamo la sua vita cambierà per sempre, passando da essere l'uomo più amato della città a quello più odiato nel giro di pochi anni. La prima esperienza in nerazzurro lo vede militare nella Dea dal 1998 al 2003, gli anni d'oro della carriera del centrocampista romano: soprannominato"Anatrone" per quel suo incedere un po' goffo e a tratti pesante, rivoluziona il ruolo del centrocampista centrale-trequartista di provincia, andando spesso in rete grazie a preziosi inserimenti e ai calci piazzati. Debutta in Serie B, realizzando 8 reti nella sua prima stagione a Bergamo. L'anno seguente il nuovo tecnico degli orobici Giovanni Vavassori gli cambia ruolo, facendolo passare da trequartista ad esterno sinistro nel 4-4-2:Doni si esalta in questa nuova posizione,realizzando la bellezza di 14 gol e trascinando la squadra alla promozione in Serie A. La sua prima stagione in Serie A si conclude con la salvezza e la realizzazione di 7 reti, ma anche con l'accusa di aver truccato la gara di Coppa Italia contro la Pistoiese: Doni venne assolto, solo dodici anni dopo rivelò di avere effettivamente combinato il risultato. La sua migliore stagione nella massima serie è però quella del 2001/2002, che precede il Mondiale in Corea e Giappone: dopo le 16 marcature realizzate viene convocato in Nazionale da Giovanni Trapattoni e diventa un punto fermo degli Azzurri, anche nello sfortunato Mondiale asiatico. Nella stagione seguente il sogno finisce: a causa di un infortunio Doni non riesce a rendere al meglio e l'Atalanta retrocede, dopo lo spareggio-salvezza perso contro la Reggina.
Nel 2003 lascia a malincuore Bergamo, ormai diventata casa sua, per trasferirsi alla Samp. dove però non riesce mai ad essere continuo, nelle due stagioni disputate, anche in seguito ad una serie di infortuni. Due stagioni dopo passa al Maiorca, nella Primera Division spagnola, in quella che sarà la sua unica esperienza estera. Il suo sogno però è ben chiaro, vuole tornare a giocare nell'Atalanta, e lo fa nel 2006, dopo la mitica frase che lo fa rientrare a Bergamo da supereroe: "Sono arrivato alla conclusione che per me questa è una maglia davvero speciale, quasi magica; forse la potrei scherzosamente avvicinare al costume che trasformava Clark Kent in Superman".Nella prima stagione dopo il ritorno, vissuta da capitano come quando era andato via, torna a segnare da attaccante, realizzando 13 reti nonostante le assenze per infortuni, giocando da trequartista dietro a Nicola Ventola o Riccardo Zampagna. Il 2008 è un anno storico per Doni a Bergamo: il 4 maggio, nel match contro il Livorno, diventa il miglior marcatore in Serie A della squadra bergamasca, superando Adriano Bassetto, mentre il 4 dicembre diventa cittadino benemerito, titolo assegnato per la prima volta a un calciatore.